延續91年本所之「船舶運送業國內航線別成本計算制度之試算計畫」，建立離線成本軟體供部分業者使用，並針對相關成本計算制度之內容作完整檢討與分析，並經由兩次講習教育訓練及座談會之舉辦，進一步修正及改善成本計算制度軟體的功能及使用操作，以符合業者及航政主管機關之需求。此外也針對偏遠地區海運航線營運虧損補貼作業暨審議規定條文提出修正建議。另建議於93年辦理申請補貼前，由交通部交通事業管理小組再辦理二次講習教育訓練，並要求業者實際輸入資料，以作最後確認及驗證成本計算制度之功能，94年起建議全面改用Web-based